Dezynfekcja termiczna jest najbardziej preferowaną metodą dezynfekcji wysokiego stopnia ze względu na brak konieczności stosowania środków chemicznych, magazynowania dużych kanistrów, ekonomiczność procesu oraz nie pozostawianie niebezpiecznych dla środowiska odpadów. Zmienne procesu, czas oraz temperatura, są takie same jak w sterylizacji parą wodną. Identycznie jak przy kontroli procesów sterylizacji, również myjnie-dezynfektory powinny być sprawdzane za pomocną niezależnych od urządzenia testów diagnostycznych. Należy pamiętać, że czujniki urządzenia mogą ulec rozkalibrowaniu, a nawet kilkustopniowa różnica w temperaturze wody powoduje, że proces jest nieskuteczny. Biorąc to wszystko pod uwagę testy kontroli dezynfekcji termicznej powinny być wykonywane w każdym cyklu, a ich wyniki stanowić codzienną dokumentację procesu.